Jest to opowieść o pisarzu, która rozgrywa się w Moskwie i jest poprzeplatana opowieściami o Jeszui Ha Nocri. Jest to Chrystus, który skazywany jest przez Piłata. Można zwrócić uwagę na rozmowy, jakie się między nimi toczą, ten wątek przewija się przez całą powieść i stanowi jej integralną część. Tymczasem na Patriarszych Prudach ma miejsce spotkanie literatów, podczas którego toczy się dyskusja o Bogu. Okazuje się, że mieszkańcy Moskwy nie wierzą nie tylko w Boga, ale nawet w szatana. Pojawia się tajemniczy gość, który przepowiada wypadek Berlioza. Wszystko spełnia się zgodnie z przepowiednią i rozpoczyna się niezwykła opowieść. Od tego momentu mają miejsce niesamowite wydarzenia. Kulminacją tych dziwów jest niezwykły pokaz magii, któremu przewodniczy Woland wraz ze swoją świtą, której każdy członek charakteryzuje się pewnymi specyficznymi cechami. W czasie tego przedstawienia ujawniane są skrywane romanse, ukrywane pieniądze, ruble i dolary, a także wiele innych wad Rosjan. W czasie swojej wizyty świta Wolanda zastanawia się nad tym, czym w pojęciu Rosjan jest „druga świeżość”, jeśli chodzi o produkty spożywcze, a także wywołuje sporo zamieszania. Następują masowe aresztowania i zamykanie obywateli w szpitalu dla obłąkanych, wielu z nich zachowuje się dość nietypowo.
Jednocześnie poznajemy historię Mistrza i Małgorzaty. Jest to opowieść o ich niezwykłym uczuciu, ale także o niezwykłej opowieści. Mistrz tworzy książkę o Jeszui Ha-Nocri. Na koniec ma ona zostać zniszczona poprzez spalenie, ale w utworze pada hasło, że rękopisy nigdy nie płoną. Również Mistrz i Małgorzata spotykają się z Wolandem. Kobieta pełni rolę jego towarzyszki, otrzymuje niezwykły odmładzający krem i potrafi nawet latać na miotle.
Na koniec utworu poznajemy dalsze losy poszczególnych bohaterów. Również Piłat zostaje uwolniony, a Mistrz i Małgorzata trafiają w miejsce określane mianem wiekuistej przystani. Woland opuszcza Moskwę.
